Ông Nguyễn Trung Tôn là một nhà bảo vệ nhân quyền và cũng là mục sư ủng hộ tự do tôn giáo. Ông còn là một blogger bất đồng chính kiến, thường xuyên lên tiếng về những bất công xã hội, tham nhũng và các vụ chiếm đất của nhà cầm quyền CSVN.
Nguyễn Trung Tôn là Chủ tịch của Hội Anh Em Dân Chủ (Brotherhood for Democracy), một tổ chức thúc đẩy sự tham gia của người dân và cung cấp đào tạo về nhân quyền.
Nhà cầm quyền bắt giam Mục sư Nguyễn Trung Tôn và các chiến hữu của mình thuộc Hội Anh Em Dân Chủ vào cuối tháng 7 năm 2017, trong một chiến dịch đàn áp đang diễn ra chống lại quyền tham gia chính trị ôn hòa.
Ông Nguyễn Trung Tôn trước đây đã bị bắt vào năm 2011 và bị kết án hai năm tù giam và 2 năm quản chế vì "tuyên truyền chống nhà nước" theo Điều 88 Bộ luật hình sự của Việt Nam.
Mục sư Tôn thường xuyên bị đàn áp cả về thể chất và tâm lý. Trong tháng 2 năm 2017, ông đã báo cáo một sự cố trong đó người đàn ông mặc quần áo dân sự tấn công ông, tước quần áo và đồ đạc, sau đó quẳng ông trong một khu rừng xa xôi. Ông bị thương nặng từ vụ việc này. Ông bị kết án 12 năm tù và bị bắt giữ 3 năm vào ngày 5 tháng 4 năm 2018.